昌吉州交通运输事业发展迅速，全州已形成以公路交通为主，铁路、民航为辅的交通格局。公里总里程达到7168公里，其中，干线公路1126公里，县乡公路4844公里，专用公路1198公里，全州汽车拥有量达到4.66万辆。首府昌吉州客运中心站每天  都有发往全州各县市及全疆各地的班车，去乌鲁木齐的中巴车平均每五分种就有一辆。昌吉市还设有民航及火车售票处。乌奎高速公路及吐乌大高速公路的修通，对昌吉州的交通状况又有较大改善。